За двенадцать лет до начала событий,демон-лис напал на деревню Скрытой Листвы (Коноха). Ради спасения Конохи четвёртый хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух демона внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку он отныне сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.
В мире Наруто каждая страна растёт и развивается как отдельная, не зависящая от других, политическая единица с монархической формой правления. Державы возглавляются Феодалами (яп. 大名 Даймё?), власть которых не превышает полномочия правителей Скрытых деревень. Мир Наруто очень похож на феодальную Японию; основной критерий, по которому страны поддерживают политическое равновесие между собой — это военно-экономическая мощь. Тут периодически подписываются различные соглашения, но в большинстве случаев они не имеют никакой ценности.

Селения Ниндзя (яп. 忍の里 Синоби но Сато?) или Скрытые Деревни (яп. 隠れ里 Какурэдзато?) служат военной силой для своей страны. Кроме этого они поддерживают её экономику путём обучения ниндзя с малого возраста, а затем используя их как трудовые ресурсы в различных оплачиваемых заданиях. Эти миссии включают в себя всевозможные работы, начиная от прополки огорода и заканчивая принятием в солдаты в случае войны, за что полученные деньги поддерживают бюджет страны. Каждое из Скрытых Селений Пяти Великих Земель Ниндзя в виде лидера имеет собственного Кагэ.

Играем по свободному сюжету.....каждый игрок начинает с новичка , который приходит в город с целью стать начинающим ниндзя и продолжить свое обучение.